ประเทศญี่ปุ่นมีลักษณะเป็นเกาะที่ล้อมรอบไปด้วยทะเลรอบด้าน มีขนาดพื้นที่ประมาณ 378,000 ตารางกิโลเมตร ซึ่งเล็กกว่าประเทศไทยประมาณ 130,000 ตารางกิโลเมตร แต่มีจำนวนประชากรอาศัยอยู่มากกว่า 120 ล้านคนซึ่งมากกว่าประเทศไทยเกือบ 1 เท่า สำหรับเวลามาตรฐานของประเทศญี่ปุ่น คือ UTC+9 ซึ่งเร็วกว่าประเทศไทย 2 ชั่วโมง
เกาะต่างๆ ของประเทศญี่ปุ่นเรียกรวมกันว่า หมู่เกาะญี่ปุ่น (Japanese Archipelago / 日本列島 [Nihon Rettou]) ประกอบด้วยเกาะน้อยใหญ่ที่เรียงรายกันอยู่ในมหาสมุทรแปซิฟิกเป็นจำนวนมากกว่า 3,000 เกาะ โดยสามารถแบ่งออกเป็นเกาะหลักๆ ได้ทั้งหมด 4 เกาะ และแบ่งย่อยเป็น 8 ภูมิภาค 47 จังหวัด ซึ่งสามารถเรียงลำดับขนาดของเกาะจากใหญ่ไปเล็กได้ดังต่อไปนี้
เกาะฮอนชู (Honshu / 本州) เป็นเกาะหลักของญี่ปุ่นที่มีขนาดใหญ่ที่สุด ตั้งอยู่ทางตอนกลางของประเทศ ประกอบด้วย 5 ภูมิภาค ได้แก่ โทโฮคุ (Tohoku / 東北), คันโต (Kanto / 関東), ชูบุ (Chubu / 中部), คันไซ (Kansai / 関西) และ ชูโงกุ (Chugoku / 中国) โดยเมืองหลักๆ ของญี่ปุ่นก็ตั้งอยู่ในเกาะนี้อย่างกรุงโตเกียว (Tokyo / 東京) ซึ่งเป็นเมืองหลวงที่อยู่ทางตะวันออกของเกาะ และจังหวัดโอซาก้า (Osaka / 大阪) ที่อยู่ทางตะวันตกของเกาะ
เกาะฮอกไกโด (Hokkaido / 北海道) ตั้งอยู่ทางตอนเหนือสุดของประเทศญี่ปุ่น มีขนาดใหญ่เป็นอันดับที่ 2 เป็นที่ตั้งของภูมิภาคและจังหวัดฮอกไกโด (Hokkaido / 北海道) ขึ้นชื่อเรื่องธรรมชาติ จึงเป็นจุดหมายปลายทางยอดนิยมของนักท่องเที่ยวในช่วงฤดูร้อนที่มีทุ่งดอกลาเวนเดอร์ และในช่วงฤดูหนาวที่มีหิมะปกคลุม
เกาะคิวชู (Kyushu / 九州) ตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงใต้สุดของญี่ปุ่น เป็นเกาะที่ตั้งของภูมิภาคคิวชู (Kyushu / 九州) และยังรวมไปถึงหมู่เกาะโอกินาว่า (Okinawa / 沖縄) มีเมืองหลักอยู่ที่เมืองฟุกุโอกะ (Fukuoka) ซึ่งตั้งอยู่งทางตอนบนของเกาะ
เกาะชิโคกุ (Shikoku / 四国) เป็นเกาะที่ตั้งของภูมิภาคชิโคกุ (Shikoku / 四国) ซึ่งเป็นภูมิภาคที่มีขนาดเล็กที่สุดของประเทศ ตั้งอยู่ระหว่างเกาะฮอนชูและคิวชู
